Selle kategooria probiootikumid võivad soolestikku koloniseerida ehk seal püsivalt elada. [17]. Neid baktereid tuntakse spoore moodustavate ehk mullabakteritena. Seda seepärast, et neid leidub kõikjal meie ümber vees, mullas, taimede juurtel, lehtedel ja vartel ning suure osa eluajast on nad uinunud ehk spooridena. Sellised bakteritüved võivad aidata asendada meie seedimises puuduvaid kasulikke baktereid, kuna me oleme üha vähem kontaktis mulla ja loodusliku keskkonnaga.
Mitmed sellised tüved, sealhulgas Bacillus coagulans ja Bacillus subtilis on näidanud järgmisi kasulikke toimeid [18] :
Seda tüüpi probiootikume ei peaks ilma arsti nõuandeta kasutama väga raskelt haiged inimesed, kõigile teistele on need ohutud.